对于贝子庙的选址还有很多传说,如成吉思汗削山成敖包,或是由河水冲天而流等等,这些传说体现了寺庙选址的一个现象,那就是座山面水。贝子庙的背面就是现在的旅游胜地——十三敖包山,这也是藏传佛教或蒙古族建筑的一个重要标志——敖包。十三敖包的十三,被认定为敖包神,是神灵所局和享祭之地。其中,一是指它的四面、四方,即四面八方;二是指天与地;三是指三时,即过去、现在、将来。由此,发现贝子庙的选址采用了典型的蒙古式的选址方式,同时也在庙结内加入了蒙古的祭祀载体——敖包。
相传,清乾隆七年(公元1742年),一位34岁的西藏传教喇嘛叫班觉伦布,在草原上展转传教来到锡林郭勒草原贝子旗的牧民太及家。女主人正要给蒙古包内供奉的佛上香,忽见喇嘛登门,忙不迭地一手提桶鲜牛奶,一手举着刚点燃的佛香,急忙走出蒙古包门去迎接来客。班觉伦布喇嘛见状认为这是一个吉兆,便决意在此地住下来。他取得贝子(管辖3个旗的王爷)班觉多吉的资助和支持后,便在额尔敦敖包前建造了一座木结构的小庙,开始传播喇嘛教。渐渐地,他得到了人们的尊敬,被当地牧民称为班第。