1980年6月文物普查时，曾在松桃虎渡口采集到的磨光石斧及夹沙红陶片，经省博物馆鉴定为新石器时代文物遗物，这看出松桃这片土地，早在1万年至4千年前就有人类生息、繁衍。
松桃，春秋战国时期属黔中，秦属黔中郡，汉至三国时期均属武陵郡，南北朝时期属郢州南阳郡，隋属源陵郡。
唐太宗贞观四年（630），今县境中部置平土洞，西部置乌罗洞，录属思州。唐武后垂二年（686），以辰州麻阳县地及山洞置锦州，松桃东部属之。肃宗天宝元年（742），改锦州为卢阳郡，松桃又随属之。肃宗乾元元年（758），卢阳复名锦州，领洛浦、渭阳、卢阳、招谕、常丰5县，今松桃地属常丰县。
宋太祖开宝年间（936－975），改平土洞置平头司，改乌罗洞置乌罗司。其间，西属思州东仍属锦州，徽宗政和四年（1114）在今孟溪置龙泉葛泽长官司，兼有麻阳县地，属沅州。理宗宝祐元年（1253）置平茶承化军民府，松桃中西部孟溪、平头、乌罗属之，亦属思州。
元世祖至元二十四年（1287），置思州宣慰司，隶湖广行省，乌罗、平头二司归其所辖。成宗大德六年（1302），改平头司为平头著可通达等处长官司；改乌罗司为乌罗龙干等处长官司，辖龙泉葛泽长官司；改平茶承化军民府为溶江之子坪茶等处长官司（治所今秀山龙凤高秀）。均均思州军民安抚司。
明太祖洪武四年（1371），改乌罗龙干等处长官司置乌罗长官司；七年（1374），改平头著可通达等处长官司置平头著可长官司，隶思州宣慰司；八年（1375），置麻兔洞（今甘龙地）隶酉阳宣慰司；十七年（1384）划出溶江芝子坪茶长官司直属四川布政司。永乐三年（1405），置答意、治古（今松桃东部）二第官司，十一年（1413）二月，废思南宣慰司，以其他置乌罗、思南、铜仁、镇远4府。乌罗府设治于乌罗长官司。同年，从酉阳宣慰司拨麻兔洞来属。此间，乌罗府隶于贵州布政司，英宗正统三年五月七日（1438、5、30），令将答意、治古2长官司永行革除，乌罗府只存3司，不足以立府，遂省乌罗府将乌罗、平头两司拨入铜仁府，拨郎溪司属思南府。
清康熙四十三年八月初六日（1704.9.4），兵部议复升任云贵广西总督鄂尔泰疏言，设铜仁理苗同知置正大营厅，以铜仁府副厅长官专理苗务，雍正八年（1730）迁正大营理苗同知至长冲（今老松桃），置松桃厅。十一年（1733），松桃厅由长冲移至蓼皋山下建城（今松桃县城）。嘉庆二年（1797）十一月初三日，升松桃厅为直隶军民厅，属贵东道。以原拨给铜仁府的乌罗、平头著可2长官司回归松桃。七年（1802）设石岘卫。至道光十五年（1835），松桃直隶厅辖1卫、2司、14汛，由贵州省直接管辖。
民国2年（1913），改松桃直隶军民厅为松桃县，属黔东道。民国3年，以正大营县丞辖地置正大营分县，治正大营；以四十八溪主簿辖地置四十八溪分县，治堡脚（今普觉镇），均属松桃县。民国16年（1927），令四十八溪分县移置甘龙口，改为甘龙口分县，仍属松桃县。民国24年（1935），松桃属第九行政督察区。民国25年，撤销正大营、甘龙口二分县并入松桃。民国26年，松桃县改属第一行政督察区。民国32年以后一直属第六行政督察区。又民国23年6月，贺龙领导的中国工农红军第三军（后恢复红二军团建制）在黔东开辟革命根据地，成立黔东特区革命委员会，实行土地革命，组织革命武装。8月在甘龙建立了严家坡（今麻阳乡南）区革命委员会和坝木、浑泉、麻阳、猫山、天堂、钟鼓坡、大土坪、黄泥堡、五官坝、寨地10个乡苏维埃政府。11月撤离黔东，进行二万五千里长征。
1949年11月12日松桃解放，1950年3月1日，经省人民政府批准，正式建立松桃县人民政府，属铜仁地区专员公署领导。1956年9月11日，国务院全体会议第37次会议通过，撤销松桃县，改设松桃苗族自治县。1956年12月31日，松桃苗族自治县正式成立，仍隶铜仁专员公署至今。