区别一：起源不同

牛：根据出土的牛颅骨化石和古代遗留的壁画等资料，可以证明普通牛起源于原牛(Bos primie-nius)，在新石器时代开始驯化。此外，在东北的榆树县也发掘到原牛的化石和万年前牛的野生种遗骨。

马：马属动物起源于6000万年前新生代第三纪初期，其最原始祖先为原蹄兽，体长约1.5米，头部和尾巴都很长，四肢短而笨重，行走缓慢，常在森林或热带平原上活动，以植物为食。体格矮小，四肢均有5趾，中趾较发达。

区别二：文化意义不同

牛：古人认为牛拥有“五行”中土属性和水属性的神力。是风调雨顺、国泰民安的象征。五行中讲水能生木，所以牛的耕作能促进农作物生长，又讲土能克水，所以古人们在治水之后，常设置铜牛、铁牛以镇水魔。

马：在中国传统的十二生肖中排名第七位。中国人有姓马的。马姓是常见的姓氏之一。除了汉族以外，其他少数民族也有不少姓马的。马姓是回族的大姓之一。云南回族几乎清一色地姓马。

区别三、粪肥的主要成分不同

牛：牛粪含有机质14.5%，氮0.30～0.45%，磷0.15～0.25%，钾0.10～0.15%。有机质和养分含量在各种家畜中较低，质地细密，含水较多，分解慢，发热量低，属迟效性肥料。

牛粪中由于含水量较高，通气性较差，有机质部分较难分解，是冷性肥料，把鲜类晾干，再加马粪混合堆积，可得疏松优质有机肥料。

马：马粪含有机质21%，氮0.4～0.5%，磷0.2～0.3%，钾0.35～0.45%。马粪成分中以纤维素、半纤维素含量较多，此外，还含有木质素、蛋白质、脂肪类、有机酸及多种无机盐类。马粪中水分易于蒸发，同时含有较多的纤维分解菌，是热性肥料，施用马粪可以改善粘土的性质。