主要有以下原因：

一、连年重茬，种植方式不当，会造成辣椒死苗。在同一块田中，每年都种植辣椒会使土壤中无机养分组成发生变化，会致使钙、镁、硼、铁等中微量元素的缺乏。同时，连作重茬辣椒会使土壤中的潜伏病菌增多。此外，施入未腐熟的有机肥会造成烧根毁根，根系受损，辣椒死苗也是“理所当然”的了。

因此，建议农户要根据实际的情况实行轮作，以降低土壤中的病原菌基数，可与粮食、棉花等作物实行3年以上的轮作。加强肥水管理，增施完全腐熟的有机肥、磷钾肥和微量元素肥料，可以选用“沃叶水溶肥”。灌溉的时候，要避免大水漫灌，且及时中耕松土，增加土壤通透性。

二、造成辣椒死苗，也许是因为病虫害所致，如猝倒病、立枯病、根腐病、枯萎病等。这些病害都是比较常见的病害，经过了多年的防治，目前已经积累了不少成功的经验。除了这些常见病害之外，还有一种病害近几年来危害日趋严重，这种病就是辣椒根线虫病。

说到辣椒根线虫病，相信很多农户都会惊讶，因为辣椒在之前几乎不会受到根线虫侵害的。但是你要知道，由于近年来辣椒种植向基地化发展，辣椒田土壤中的线虫得到了良好的生长环境，辣椒根线虫病也越来越严重，呈现出蔓延的趋势。

辣椒根线虫危害辣椒根部，主要是辣椒的须根和侧根，它用锋利的口针穿刺根部，分泌的唾液进入根部后会产生化学作用，导致须根和侧根形成球状或圆锥形大小不等的串珠状瘤物，这就是我们所说的根结。这些根结初为白色，后期会变为淡褐色，有的还会出现腐烂。根部出现根结、根瘤，会阻碍辣椒吸收营养物质和水分，就会造成辣椒死苗了。

辣椒苗用恶霉灵可湿性粉剂和抗枯灵可湿性粉剂来进行浇灌，防治效果比较好。